Acho que uma opção seria sim a urna eletrônica emitir um comprovante, mas este sendo depositado numa urna logo ao lado da urna eletrônica. Ao final das votações, seria iniciado a apuração da urnas eletrônicas e a contagem de votos dos papéis emitidos pelas urnas. Assim seria possível fazer uma dupla verificação dos resultados. Daria muito trabalho mas acredito que aumentaria a confiabilidade.