Apenas a intervenção federal permitiria a perda da autonomia.

Intervenção Federal
Intervenção Federal é a intervenção realizada pela União Federal, em nome da Federação, nos Estados e no Distrito Federal, nas hipóteses taxativamente previstas no Art. 34 da CF/88, quais sejam:

Manter a Integridade Nacional
Repelir invasão estrangeira ou de uma unidade da federação em outra
pôr termo a grave comprometimento da ordem pública
garantir o livre exercício de qualquer dos Poderes nas unidades da Federação
reorganizar as finanças da unidade da Federação que:
suspender o pagamento da dívida fundada por mais de dois anos consecutivos, salvo motivo de força maior;
deixar de entregar aos Municípios receitas tributárias fixadas nesta Constituição, dentro dos prazos estabelecidos em lei;
prover a execução de lei federal, ordem ou decisão judicial;
assegurar a observância dos seguintes princípios constitucionais:
forma republicana, sistema representativo e regime democrático;
direitos da pessoa humana;
autonomia municipal;
prestação de contas da administração pública, direta e indireta.
aplicação do mínimo exigido da receita resultante de impostos estaduais, compreendida a proveniente de transferências, na manutenção e desenvolvimento do ensino e nas ações e serviços públicos de saúde.
O Presidente da República pode agir de ofício (Intervenção espontânea) para preservar a integridade nacional, repelir invasão estrangeira, pôr termo a grave comprometimento da ordem pública ou reorganizar as finanças das demais unidades da federação.

Para garantir o livre exercício dos demais poderes (Art. 34, IV c/c Art. 36, I), dependerá de solicitação dos Poderes Legislativo ou Executivo (possui discricionariedade para decidir pela intervenção) ou de requisição (sem margem de discricionariedade) do Poder Judiciário mediante requisição do Supremo Tribunal Federal. No caso de desobediência a ordem ou decisão judicial, a decretação dependerá de requisição do STF, do STJ ou do TSE, de acordo com a matéria (ato vinculado).

Na intervenção para prover a execução de Lei Federal ou assegurar a observância dos princípios constitucionais, é necessária requisição do Supremo Tribunal Federal após o provimento de ADIN Interventiva proposta pelo Procurador-Geral da República.
Necessária uma intervenção espontânea para por termo a graves comprometimentos do pacto federativo (preservar integridade nacional, repelir invasão estrangeira ou reorganizar finanças);
situações em que, visando a preservação da autonomia dos órgãos envolvidos estes necessitam de solicitar ou requisitar ao Presidente a intervenção e, por fim,
situações em que pode estar havendo divergência jurídica (negativa de vigência a lei federal e não observância de princípios), nas quais deve ser provida ADIN INTERVENTIVA.
A decretação de intervenção é de competência privativa do Presidente da República (Art. 84, X da CF/88), que, quando não for requisitada pelo judiciário, tem margem discricionária para agir atendendo a critérios de conveniência e oportunidade. Importante observar que o Judiciário não pode regular o mérito do juízo de discricionariedade do Presidente da República, obrigando-o a intervir nos casos em que isto não seja a única opção disponível (requisição do judiciário).

Embora não haja vinculação, o presidente deve ouvir o Conselho da República e o Conselho de Defesa Nacional antes de optar por editar o decreto presidencial de intervenção, que especificará a amplitude, o prazo e as condições de execução e, quando couber, nomeará o interventor.

O Decreto Interventivo poderá suspender a eficácia de atos, afastamento de autoridades envolvidas, nomeação de interventor, entre outras medidas. No caso de afastamento de autoridades, estas retornarão ao cargo acaso não exista algum impedimento legal